ניתן לאחסן פטריות קפואות בבטחה לאורך כל השנה מבלי לאבד את ערכן התזונתי. עדיף לקצור כובעי פטריות בצורה כזו, אך מומלץ להסיר את הרגליים.
צריך לזכור שלא כל סוגי הפטריות סובלים הקפאה באותה מידה. עבורה, למשל, מתאימות פטריות אספן ובולטוס, פטריות (גם טריות וגם מבושלות) ובולטוס. סוגים אחרים של פטריות יש להרתיח לפני ההקפאה. אחרת, הם רוכשים טעם לוואי מר לא נעים.
הקפאת פטריות היא דרך נוחה וחסכונית מאוד לאחסון - הרי שקיות ניילון עם פטריות תופסות מינימום מקום במקפיא. ניתן להוסיף פטריות אלו למנות שונות, במידת הצורך: סלטים ותבשילים, תבשילים ומרקים.
